Con l'espressione "filiera alimentare" si intende l'insieme complesso di attività che sono coinvolte nella produzione, trasformazione, distribuzione, commercializzazione di un prodotto commestibile finito. Comprendere le filiere alimentari, essere capaci di interpretarne la qualità oppure le frodi è un punto snodale per il metodo BioNeF. È emblematico come negli ultimi anni si stia assistendo ad un aumento esponenziale dei piccoli o grandi problemi intestinali (difficoltà digestive, aereofagia, coliche, stipsi persistente intervallata da dissenterie, difficoltà di assorbimento di micronutrienti). È sempre più convincente la possibilità che non sia il cibo di "per se" a danneggiare il nostro intestino ma spesso le diverse modalità di preparazione dei cibi ed i trattamenti che esso subisce ad rendere il cibo avverso al nostro organismo. Il metodo BioNeF tiene conto di queste problematiche in quanto trascurale significherebbe non creare quelle condizioni di depurazione dell'organismo alla base del suo benessere. Comprendere quale cibo scegliere e perché scegliere quella determinata preparazione rispetto ad un altra è di fondamentale importanza. In questo paragrafo faremo un viaggio nelle diverse filiere alimentari e comprenderemo come i singoli cibi arrivano sulla nostra tavola e specialmente in che condizioni ci arrivano.